防止马蹄莲根发生腐烂的方法如下：

①选择优良的种球，栽培时要选择无病害的优良球根作为栽培的种球。

②栽培容器与栽培介质选择：栽培马蹄莲的容器宜用大盆、深盆，栽培土应选用疏松、肥沃的培养土。

③种植不宜过深，马蹄莲种植时深度不宜太深，浇水不宜过量，室外栽培需采用遮雨设施。