碗莲有无性繁殖和有性繁殖两种。有性繁殖即用种子直播，但容易产生变异，在育种上应用较多日常繁殖以无性繁殖为主，即通过碗莲的苫芽发育成新的个体。长江流域一般在清明前后翻盆分藕，注意切勿损伤顶芽。种藕至少要保留两段藕身，尾部留节。留有节的种藕栽后藕身腐烂缓慢，能为荷花发芽展叶提供足够的养分。通常碗莲种植在小钵内，受营养条件的限制，繁殖系数较低。为了加速繁殖，可种在较大的钵内，促使地下茎多分枝，提高繁殖率。