牡丹和芍药的最大区别在于牡丹是灌木，木质茎，而芍药则是宿根草本，革质茎。

其他的区别还有：牡丹叶片宽厚，正面绿色略呈黄色，而芍药叶片狭薄，两面均浓绿色牡丹的花朵着生于花枝顶端，花径一般在20厘米左右，而芍药花单生枝顶或近顶端叶腋，花径在15厘米左右。另外，牡丹一般在4月中下旬开花，而芍药则在5月上中旬开花，牡丹比芍药早半个月左右开花。